Durant molts anys els extraterrestres han viscut a la Terra, barrejats amb els humans, sense que ningú ho sabés. Els Homes de Negre són uns agents, pertanyents a una associació altament secreta del govern, encarregats de controlar els alienígenes. Ara dos d'aquests agents, un veterà i un altre acabat d'incorporar, i que tenen com a missió vigilar els alienígenes que habiten a la ciutat de Nova York, descobreixen un terrorista galàctic que pretén acabar amb la humanitat.