Neo, Morpheus, Trinity i la resta de la tripulació continuen en la lluita contra les màquines que han esclavitzat a la raça humana. Ara més humans han estat despertats i intenten viure en el món real. A mesura que augmenten en nombre, la batalla s'acosta a Sion, l'última ciutat real en el món i centre de la resistència humana. I té poc temps, molt poc temps ...