Hispanoamèrica, segle XVIII. En plena jungla tropical al costat de les cataractes d'Iguazú un missioner jesuïta, el pare Gabriel (Jeremy Irons), segueix l'exemple d'un jesuïta crucificado, sense més armes que la seva fe i una flauta. En ser acceptat pels indis guaraníes, Gabriel crea la missió de Sant Carlos. Entre els seus seguidors està Rodrigo Mendoza (Robert De Niro), ex-traficant d'esclaus, mercenari i assassí, que buscant el perdó es fa jesuïta i troba la redempció entre les seves antigues víctimes. Després de lluitar junts durant anys, s'enfronten a causa de la independència dels natius: Gabriel confia en el poder de l'oració; Rodrigo, en la força de l'espasa.