Han passat dos anys des que el tranquil Peter Parker va deixar a Mary Jane Watson, el seu gran amor, i va decidir seguir assumir les seves responsabilitats com Spider-Man. Peter ha d'afrontar nous desafiaments mentre lluita contra el do i la maledicció dels seus poders equilibrant les seves dues identitats: l'esmunyedís superheroi Spider-Man i l'estudiant universitari. Les relacions amb les persones que més aprecia estan ara en perill de ser descobertes amb l'aparició del poderós vilà de múltiples tentacles Doctor Octopus, Doc Ock. La seva atracció per M.J. es fa més fort mentre lluita contra l'impuls d'abandonar la seva vida secreta i declarar el seu amor. Mentrestant, M.J. ha seguit amb la seva vida. S'ha embarcat en la seva carrera d'actriu i té un nou home en la seva vida. La relació de Peter amb el seu millor amic Harry Osborn s'ha allunyat per la creixent venjança d'Harry contra Spider-Man, al que considera responsable de la mort del seu pare. La vida de Peter es torna encara més complicada quan ha d'enfrontar-se amb el seu poderós nou enemic, el Dr. Otto Octavius. Peter ha d'aprendre ara a acceptar la seva destinació i a utilitzar tots els seus talents com a superheroi per detenir a aquest boig diabòlic de vuit braços.