Alex el lleó és el rei de la selva urbana: és l'atracció estel·lar del zoo novaiorquès de Central Park. Com els seus millors amics, Marty la zebra, Melman la girafa i Gloria la hipopòtam, Alex ha passat tota la seva vida en feliç i ignorant captivitat, bé alimentat i en una gàbia amb excel·lents vistes el parc. No content amb la seva vida, Marty es deixa portar per la curiositat i amb ajuda d'uns prodigiosos pingüins, escapa del zoo per conèixer món, amb la intenció de tornar abans que es faci de dia. Alex, Melman i Gloria descobreixen la seva fugida i decideixen sortir en la seva cerca abans que algú se de compte de la seva desaparició. Fins i tot a una ciutat com Nova York, no deixa de cridar l'atenció veure un lleó, una girafa i un hipopòtam caminant pel carrer i muntant en metre. Els tres amics aconsegueixen trobar a Marty en l'estació Central, però abans que puguin tornar al zoo els capturen i els embarquen amb rumb a Àfrica. Els pingüins sabotegen el creuer i els quatre amics apareixen a una platja de l'exòtica illa de Madagascar. Aquests natius de Nova York han d'aprendre a sobreviure a estat silvestre; és llavors quan comprenen el sentit de l'expressió “el món d'aquí fora és una jungla”.