Durant el període de guerra entre estats o Sengoku, un ronin anomenat Nanashi, que significa sense nom, salva a un nen anomenat Kotarou i al seu gos Tobimaru en un temple abandonat. Kotarou no té família i és perseguit per una misteriosa organització militar de Xina, per la qual cosa contracta a Nanashi com a guardaespatlles. Nanashi, que ha abandonat el seu nom al costat del seu passat, ha segellat la seva espasa a causa d'un succés passat pel qual és turmentat en forma de malsons. L'encarregat de perseguir a Kotarou és un home anomenat Rarou, que pertany a l'organització d'origen xinès i que aquesta baix les ordenis d'un ancià anomenat Byakuran, encara que, a diferència dels seus companys, Rarou no posseeix un concepte de Rei i sol busca lluitar contra el més fort.