El malvat Shredder té un únic i pervers pla: acabar amb els quatre superherois Tortugues Ninja Mutantes, Raphael, Leonardo, Michelangelo i Donatello. Per a això, segresta el professor Jordan Perry, creador del''Moc Verd''que fa possible la mutació de les Tortugues. Poc després, Shredder aplica la preuada substància a dues criatures que acaba de reclutar, convits a terribles i imponents guerrers ninja que lluitaran i intentaran acabar amb els superherois. No obstant això, aquests aconsegueixen fan davant el perillós criminal, amb l'ajuda del seu mestre Splinter, l'elegant periodista April i el repartidor de pizzes Keno.